Doanh nghiệp bị cơ quan quyết toán thuế khi nào? Bí quyết giảm rủi ro thanh tra thuế

Doanh nghiệp bị cơ quan quyết toán thuế khi nào là vấn đề được nhiều chủ doanh nghiệp quan tâm. Bài viết 2025 cập nhật chi tiết các trường hợp doanh nghiệp có nguy cơ bị kiểm tra. Phân tích rõ thời điểm cơ quan thuế thường tiến hành quyết toán thuế để doanh nghiệp chủ động chuẩn bị. Hướng dẫn cách kiểm soát hồ sơ, sổ sách kế toán đầy đủ, chính xác. Đồng thời, chia sẻ mẹo giảm thiểu rủi ro khi quyết toán thuế, giúp doanh nghiệp tuân thủ đúng quy định.

1. Tổng quan

1.1 Quyết toán thuế là gì?

Quyết toán thuế là quá trình cơ quan thuế kiểm tra sổ sách, hồ sơ và báo cáo tài chính của doanh nghiệp để đảm bảo tuân thủ Luật Doanh nghiệp 2020 và Luật Quản lý Thuế. Quá trình này giúp xác định nghĩa vụ thuế thực tế, phát hiện sai sót và hướng dẫn doanh nghiệp khắc phục kịp thời. Chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, chứng từ theo đúng quy định giúp doanh nghiệp tránh rủi ro bị xử phạt và đảm bảo minh bạch trong quản lý thuế.

1.2 Đối tượng phải quyết toán thuế TNDN

Theo Điều 3 Luật Thuế Thu nhập doanh nghiệp 2008 (sửa đổi, bổ sung), đối tượng nộp thuế TNDN bao gồm tất cả các tổ chức có phát sinh thu nhập chịu thuế tại Việt Nam. Cụ thể:

+ Doanh nghiệp thành lập theo pháp luật Việt Nam: phải thực hiện quyết toán thuế TNDN đối với toàn bộ thu nhập chịu thuế phát sinh cả trong nước và ngoài nước.

+ Doanh nghiệp nước ngoài có cơ sở thường trú tại Việt Nam: nộp thuế đối với thu nhập phát sinh tại Việt Nam và cả phần thu nhập từ hoạt động kinh doanh ngoài Việt Nam nhưng liên quan trực tiếp đến cơ sở thường trú.

+ Doanh nghiệp nước ngoài có cơ sở thường trú tại Việt Nam nhưng phát sinh thu nhập không liên quan đến cơ sở thường trú: vẫn phải nộp thuế cho phần thu nhập này tại Việt Nam.

+ Doanh nghiệp nước ngoài không có cơ sở thường trú tại Việt Nam: chỉ nộp thuế đối với khoản thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

👉 Như vậy, mọi loại hình doanh nghiệp có thu nhập tại Việt Nam, dù là doanh nghiệp trong nước hay doanh nghiệp nước ngoài, có hay không có cơ sở thường trú đều thuộc diện phải quyết toán thuế TNDN theo quy định.

2. Cơ quan thuế xuống quyết toán thuế tại doanh nghiệp khi nào?

Cơ quan thuế sẽ tiến hành kiểm tra doanh nghiệp trong các trường hợp được quy định tại Quy trình ban hành kèm theo Quyết định số 970/QĐ-TCT ngày 14/07/2023, bao gồm:

+ Kiểm tra dựa trên hồ sơ khai thuế;

+ Kiểm tra trong trường hợp phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật;

+ Kiểm tra khi doanh nghiệp hoàn thuế;

+ Kiểm tra dựa theo kế hoạch hoặc kiểm tra theo chuyên đề (*); 

+ Kiểm tra theo kiến nghị của kiểm toán nhà nước, thanh tra nhà nước và các cơ quan nhà nước có thẩm quyền khác;

+ Kiểm tra trong trường hợp người nộp thuế tiến hành:

– Chia, tách, sáp nhập, hợp nhất, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp;

– Giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế hoặc thay đổi địa điểm kinh doanh mà dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý của doanh nghiệp.

+ Kiểm tra đột xuất, bao gồm:

– Kiểm tra khi có đơn tố cáo;

– Kiểm tra theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế hoặc theo chỉ đạo của Thủ trưởng cơ quan thuế cấp trên;

– Kiểm tra dựa theo đề nghị của người nộp thuế (chia, tách, hợp nhất, sáp nhập, chuyển đổi loại hình doanh nghiệp, giải thể, chấm dứt hoạt động, cổ phần hóa, chấm dứt hiệu lực mã số thuế, chuyển địa điểm kinh doanh dẫn đến thay đổi cơ quan thuế quản lý);

– Kiểm tra trước khi hoàn thuế;

– Kiểm tra theo đề xuất sau khi đã thực hiện kiểm tra tại trụ sở cơ quan thuế;

– Các trường hợp được kiểm tra đột xuất khác.

Trên đây là các trường hợp cơ quan thuế sẽ xuống quyết toán tại doanh nghiệp. Theo đó, không phải mọi doanh nghiệp đều được cơ quan thuế xuống quyết toán sau 05 năm.

3. Doanh nghiệp bị cơ quan quyết toán thuế khi nào?

Khi cơ quan thuế quyết toán thuế tại doanh nghiệp, cơ quan thuế sẽ thực hiện kiểm tra các hạng mục chính sau:

+ Kiểm tra tờ khai thuế: Đối chiếu toàn bộ các tờ khai thuế đã nộp, bao gồm thuế GTGT, thuế TNDN, thuế TNCN và các loại thuế khác tùy vào lĩnh vực của doanh nghiệp

+ Kiểm tra chứng từ và hóa đơn: Cơ quan thuế sẽ đối chiếu hợp lệ và kiểm tra tính chính xác của hóa đơn, báo cáo thuế, biên bản kiểm tra và tất cả chứng từ liên quan đến quá trình nộp thuế của doanh nghiệp.

+ Kiểm tra sổ sách và chứng từ kế toán: Đối chiếu sổ sách kế toán với các tờ khai thuế để đảm bảo khớp số liệu.

+ Báo cáo tài chính: Xem xét báo cáo tài chính của doanh nghiệp để đảm bảo phản ánh chính xác tình hình kinh doanh, kết quả lãi lỗ. So sánh các chỉ tiêu trên báo cáo tài chính với sổ sách kế toán để đảm bảo tính nhất quán và chính xác của số liệu.

+ Giải trình các sai phạm: Nếu phát hiện sai sót doanh nghiệp cần trình bày chi tiết nguyên nhân sai sót và cách xử lý để đảm bảo tuân thủ pháp luật.

4. Những tài liệu doanh nghiệp cần chuẩn bị khi quyết toán thuế

Khi doanh nghiệp nhận được yêu cầu quyết toán thuế từ cơ quan thuế, kế toán cần chuẩn bị hồ sơ, chứng từ và sổ sách kế toán một cách cẩn thận để phục vụ kiểm tra. Các bước chuẩn bị bao gồm:

4.1 Sắp xếp chứng từ gốc:

+ Sắp xếp chứng từ gốc theo tháng/quý, xếp chứng từ gốc theo thứ tự các bảng kê thuế đầu vào – đầu ra, kết hợp với tờ khai thuế GTGT hàng tháng/quý đã nộp cho cơ quan thuế.

+ Hóa đơn bán ra: Kèm phiếu thu (nếu thu tiền mặt), phiếu xuất kho, hợp đồng và biên bản thanh lý (nếu có).

+ Hóa đơn mua vào: Kèm phiếu chi (nếu chi tiền mặt), phiếu nhập kho, đề nghị thanh toán, hợp đồng và biên bản bàn giao/thanh lý (nếu có).

+ Bán hàng trả góp: Kèm phiếu kế toán, phiếu xuất kho, hợp đồng và biên bản thanh lý (nếu có).

Lưu ý quan trọng:

+ Tất cả chứng từ phải có dấu và chữ ký đầy đủ theo chức danh.

+ Mỗi tháng/quý (tùy số lượng chứng từ) nên lập 1 tập hồ sơ riêng, có bìa đầy đủ để lưu trữ chứng từ, đảm bảo dễ tra cứu khi cơ quan thuế kiểm tra.

4.2 Sắp xếp báo cáo đã nộp lên cơ quan thuế

Doanh nghiệp phải sắp xếp chứng từ của năm nào phải đi kèm với báo cáo của năm đó.

+ Tờ khai thuế GTGT hàng tháng/quý.

+ Tờ khai khấu trừ thuế TNCN hàng tháng/quý.

+ Báo cáo sử dụng chứng từ khấu trừ thuế (nếu có) hàng tháng/quý.

+ Báo cáo tài chính.

+ Quyết toán thuế TNCN, thuế TNDN.

+ Báo cáo hoàn thuế của từng năm.

4.3 Chuẩn bị sổ sách hàng năm

Để phục vụ kiểm tra quyết toán thuế, doanh nghiệp cần lập và lưu trữ đầy đủ các sổ sách kế toán sau:

+ Sổ kế toán nghiệp vụ hàng ngày: gồm sổ nhật ký chung, sổ nhật ký mua hàng, sổ nhật ký bán hàng để ghi nhận tất cả giao dịch phát sinh.

+ Sổ tổng hợp và chi tiết công nợ: theo dõi công nợ phải thu của khách hàng và phải trả nhà cung cấp, đảm bảo đối chiếu khớp với các khoản thanh toán.

+ Sổ quỹ và tiền gửi ngân hàng: sổ kế toán quỹ tiền mặt và sổ chi tiết các tài khoản ngân hàng, phản ánh chính xác dòng tiền ra – vào.

+ Sổ cái và sổ chi tiết các tài khoản: theo hình thức nhật ký chung, ghi nhận tất cả các tài khoản theo đúng chuẩn mực kế toán.

+ Sổ theo dõi tài sản cố định và công cụ, dụng cụ: tổng hợp tình hình tăng – giảm tài sản cố định, công cụ – dụng cụ; kèm bảng tính khấu hao TSCĐ, phân bổ công cụ – dụng cụ và chi phí trả trước.

+ Sổ kho và vật tư: bảng tổng hợp nhập – xuất – tồn kho, sổ chi tiết vật tư, hàng hóa (nếu có).

Lưu ý:  Tất cả sổ sách phải được in ra, ký và đóng dấu đầu đủ. Các phiếu, chứng từ liên quan cần đánh số thứ tự và sắp xếp theo trình tự hợp lý, đảm bảo dễ tra cứu và đối chiếu khi cơ quan thuế kiểm tra.

4.4 Sắp xếp các hợp đồng kinh tế

Để chuẩn bị cho việc quyết toán thuế và kiểm tra của cơ quan thuế, doanh nghiệp cần thực hiện:

+ Hợp đồng kinh tế:

– Lưu trữ hợp đồng mua – bán, dịch vụ theo thứ tự thời gian, phân loại rõ ràng theo từng nhà cung cấp hoặc khách hàng.

– Kèm theo tài liệu liên quan như hợp đồng gốc, biên bản nghiệm thu, bàn giao và hồ sơ thanh lý (nếu có).

+ Hợp đồng lao động và quản lý nhân sự:

– Đảm bảo tất cả hợp đồng lao động được ký kết đầy đủ, đúng quy định, nội dung rõ ràng và có chữ ký xác nhận.

– Kiểm tra thang bảng lương, quyết định bổ nhiệm, điều chuyển công tác và tăng lương để xác nhận tính hợp pháp và minh bạch.

Lưu ý: Mọi hồ sơ, tài liệu phải được đánh số, phân loại và lưu trữ khoa học để thuận tiện cho việc tra cứu khi cơ quan thuế kiểm tra.

4.5 Hồ sơ pháp lý

+ Văn bản pháp lý doanh nghiệp: Lưu giữ đầy đủ bản gốc và bản sao công chứng/xác thực của giấy phép đăng ký kinh doanh, chứng nhận đầu tư và các giấy tờ pháp lý liên quan khác.

+ Công văn và văn bản trao đổi với cơ quan thuế: Sắp xếp các công văn, thông báo, quyết định đã nhận hoặc gửi cho cơ quan thuế để dễ dàng đối chiếu khi kiểm tra.

4.6 Đối chiếu và kiểm tra số liệu

+ Đối chiếu sổ chi tiết với sổ tổng hợp tài khoản.

+ So sánh các giao dịch phát sinh với sổ định khoản để đảm bảo tính chính xác.

+ Kiểm tra công nợ với khách hàng và nhà cung cấp.

+ Đối chiếu dữ liệu trên hóa đơn đầu vào – đầu ra với bảng kê khai thuế.

+ Kiểm tra đầy đủ chữ ký trên tất cả các tài liệu.

+ Đối chiếu bảng lương với sổ tài khoản 334 và kiểm tra hồ sơ cá nhân của người lao động.

5. Mội số quy định về thanh tra, kiểm tra thuế của doanh nghiệp

+ Luật Quản lý Thuế không quy định cụ thể về thời gian hay tần suất thanh tra, kiểm tra thuế. Thông thường, doanh nghiệp không vi phạm và không nằm trong kế hoạch đặc biệt sẽ không bị kiểm tra quá 1 lần/năm.

+ Cuối năm, chi cục thuế lập danh sách doanh nghiệp thuộc diện thanh tra, kiểm tra và thông báo trước để doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ.

+ Theo Khoản 3 Điều 114 Luật Quản Lý Thuế quy định:

– Chậm nhất là 03 ngày làm việc kể từ ngày ký, quyết định thanh tra thuế phải được gửi cho đối tượng thanh tra.

– Quyết định thanh tra thuế phải được công bố chậm nhất là 15 ngày kể từ ngày ra quyết định thanh tra thuế.

6. Mức phạt khi chậm nộp hoặc không nộp hồ sơ quyết toán thuế TNDN

Biện pháp khắc phục hậu quả:

+ Buộc nộp đủ số tiền thuế chậm nộp vào NSNN (áp dụng với trường hợp 1–5 nếu có phát sinh thuế).

+ Buộc nộp đầy đủ hồ sơ khai thuế và các phụ lục theo quy định (áp dụng với điểm c, d trường hợp 4).

7. Kết luận

Quyết toán thuế là nghĩa vụ bắt buộc của doanh nghiệp, giúp đảm bảo tuân thủ Luật Doanh nghiệp 2020 và Luật Quản lý Thuế. Doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ, sổ sách, chứng từ, hợp đồng kinh tế và báo cáo tài chính để phục vụ việc kiểm tra tại trụ sở khi cơ quan thuế quyết toán.

Việc nắm rõ các quy định về thanh tra, kiểm tra thuế – bao gồm tần suất, thời gian và thông báo của cơ quan thuế – sẽ giúp doanh nghiệp chủ động, giảm rủi ro bị xử phạt và đảm bảo minh bạch tài chính.

Để được hướng dẫn chi tiết và hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ quyết toán thuế 2025, doanh nghiệp hãy liên hệ với đội ngũ tư vấn chuyên nghiệp của công ty ANTA ngay hôm nay.

Bài viết cùng chủ đề