Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn hay kê khai tại kỳ hiện tại

Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn hay kê khai tại kỳ hiện tại

By 0 Comments 11th Tháng 9 2025

Trong công tác kế toán – thuế, việc hóa đơn đầu vào bị bỏ sót là tình huống thường gặp ở nhiều doanh nghiệp. Khi phát hiện ra hóa đơn chưa kê khai, kế toán luôn băn khoăn: Nên kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn hay kê khai tại kỳ hiện tại? Nếu xử lý sai, doanh nghiệp có thể gặp rủi ro về thuế, thậm chí bị xử phạt.

Bài viết này sẽ phân tích chi tiết dựa trên căn cứ pháp lý mới nhất, các văn bản hướng dẫn từ cơ quan thuế, đồng thời cung cấp cách thức tra cứu hóa đơn để hạn chế bỏ sót.

1. Khái quát về hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

1.1. Hóa đơn đầu vào là gì?

Hóa đơn đầu vào là chứng từ do bên bán cung cấp, phản ánh giá trị hàng hóa, dịch vụ mà doanh nghiệp mua về để phục vụ hoạt động sản xuất, kinh doanh. Hóa đơn này là căn cứ quan trọng để kế toán hạch toán chi phí và kê khai thuế GTGT được khấu trừ.

1.2. Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót là gì?

Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót là trường hợp kế toán chưa kê khai hóa đơn trên tờ khai thuế GTGT trong kỳ tính thuế phát sinh. Sai sót này có thể đến từ nhiều nguyên nhân:

+ Quên không nhập dữ liệu vào phần mềm kê khai.

+ Bị thất lạc hóa đơn điện tử hoặc chưa tải dữ liệu từ hệ thống.

+ Doanh nghiệp nhận hóa đơn muộn, sau khi đã nộp tờ khai thuế.

+ Lỗi kỹ thuật trong quá trình đồng bộ dữ liệu giữa phần mềm kế toán và hệ thống khai thuế.

Việc bỏ sót hóa đơn đầu vào có thể dẫn đến doanh nghiệp chưa được khấu trừ thuế GTGT hợp lệ, ảnh hưởng trực tiếp đến nghĩa vụ thuế.

Tham khảo thêm: Bên mua kê khai hóa đơn điều chỉnh như thế nào?

2. Căn cứ pháp lý về việc xử lý hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

2.1. Luật Thuế GTGT 2008, sửa đổi 2013

Tại điểm đ khoản 1 Điều 12 Luật Thuế GTGT 2008 (được sửa đổi bởi khoản 6 Điều 1 Luật Thuế GTGT sửa đổi 2013) quy định:

+ Thuế GTGT đầu vào phát sinh trong tháng nào được kê khai, khấu trừ khi xác định số thuế phải nộp của tháng đó.

+ Trường hợp phát hiện sai sót thì được kê khai, khấu trừ bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế.

Điều này khẳng định: hóa đơn đầu vào bị bỏ sót phải kê khai bổ sung đúng kỳ phát sinh.

2.2. Nghị định 209/2013/NĐ-CP và Thông tư 219/2013/TT-BTC

+ Điểm g khoản 1 Điều 9 Nghị định 209/2013/NĐ-CP.

+ Khoản 8 Điều 14 Thông tư 219/2013/TT-BTC.

Đều hướng dẫn: thuế GTGT đầu vào phát sinh kỳ nào thì kê khai khấu trừ kỳ đó.

2.3. Luật Quản lý thuế 2019 và sửa đổi 2024

+ Khoản 1 Điều 47 Luật Quản lý thuế 2019: Người nộp thuế được phép khai bổ sung trong vòng 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế có sai sót, trước khi cơ quan thuế công bố quyết định thanh tra.

+ Điểm a khoản 6 Điều 6 Luật sửa đổi năm 2024 (có hiệu lực từ 01/01/2025): Tiếp tục khẳng định quyền khai bổ sung hồ sơ thuế.

2.4. Nghị định 126/2020/NĐ-CP

Khoản 4 Điều 7 quy định:

+ Nếu khai bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế → chỉ cần nộp bản giải trình bổ sung.

+ Nếu khai bổ sung làm tăng/giảm số thuế GTGT khấu trừ chuyển kỳ sau → được kê khai ngay tại kỳ tính thuế hiện tại.

+ Nếu khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp → phải nộp bổ sung cả thuế và tiền chậm nộp.

3. Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai bổ sung vào đâu?

Khi phát hiện hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, kế toán cần phân biệt rõ bản chất của hóa đơn đó để lựa chọn phương thức kê khai đúng. Có hai tình huống chính:

3.1. Kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hóa đơn

Nếu hóa đơn đầu vào bị bỏ sót dẫn đến thay đổi nghĩa vụ thuế GTGT của kỳ phát sinh (tăng số thuế được khấu trừ hoặc giảm số thuế GTGT phải nộp), thì doanh nghiệp bắt buộc phải kê khai bổ sung trực tiếp vào kỳ phát sinh hóa đơn.

Ví dụ minh họa:

+ Tháng 9/2022, doanh nghiệp mua hàng hóa có thuế GTGT đầu vào 50 triệu đồng nhưng kế toán quên không kê khai.

+ Sau khi phát hiện, kế toán phải lập tờ khai bổ sung tháng 9/2022, điều chỉnh để được khấu trừ đúng số thuế GTGT.

+ Nếu không kê khai bổ sung kỳ này mà đưa vào kỳ hiện tại sẽ bị cơ quan thuế bác bỏ khi quyết toán.

3.2. Kê khai bổ sung tại kỳ hiện tại

Nếu hóa đơn đầu vào bị bỏ sót chỉ làm tăng hoặc giảm số thuế GTGT được khấu trừ chuyển kỳ sau (không làm thay đổi nghĩa vụ thuế phải nộp của kỳ phát sinh), thì doanh nghiệp có thể kê khai ngay trong kỳ tính thuế hiện tại.

Ví dụ minh họa:

+ Hóa đơn mua vào tháng 5/2024 với thuế GTGT đầu vào 20 triệu đồng.

+ Doanh nghiệp chưa kê khai, nhưng nếu kê khai thì số thuế này chỉ làm tăng số khấu trừ chuyển sang kỳ sau (không ảnh hưởng số thuế phải nộp tháng 5/2024).

+ Khi đó, kế toán có thể kê khai ngay trong kỳ hiện tại (tháng 9/2024) mà không cần quay lại tờ khai tháng 5/2024.

👉 Như vậy, để trả lời câu hỏi “Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thì kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh hay kỳ hiện tại?”, ta cần xem xét:

+ Nếu ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế → kê khai vào kỳ phát sinh.

+ Nếu chỉ ảnh hưởng đến khấu trừ chuyển kỳ sau → kê khai tại kỳ hiện tại.

4. Hướng dẫn của cơ quan thuế về hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

4.1. Công văn 2397/CTBNI-KKKTT năm 2023 – Cục Thuế Bắc Ninh

Cục Thuế tỉnh Bắc Ninh đã có hướng dẫn rõ về việc xử lý hóa đơn đầu vào bị bỏ sót:

+ Nếu phát hiện hóa đơn tháng nào bị bỏ sót thì phải khai bổ sung đúng tờ khai tháng đó.

+ Ví dụ:

Hóa đơn bỏ sót tháng 9/2022 → kê khai bổ sung tháng 9/2022.

Hóa đơn bỏ sót tháng 12/2022 → kê khai bổ sung tháng 12/2022.

Hóa đơn bỏ sót tháng 1/2023 → kê khai bổ sung tháng 1/2023.

Điều này thể hiện quan điểm thống nhất của cơ quan thuế: nguyên tắc kê khai bổ sung là theo kỳ phát sinh hóa đơn.

4.2. Các công văn hướng dẫn tương tự

Ngoài Bắc Ninh, nhiều Cục Thuế địa phương cũng có văn bản khẳng định: hóa đơn đầu vào bị bỏ sót phải kê khai bổ sung đúng kỳ, chỉ ngoại lệ nếu chỉ làm thay đổi số khấu trừ chuyển kỳ sau.

Ví dụ:

+ Công văn của Cục Thuế TP.Hà Nội năm 2022.

+ Công văn của Cục Thuế TP.HCM năm 2023.

Các công văn này đều nhấn mạnh: nếu kế toán đưa hóa đơn đầu vào bị bỏ sót vào kỳ hiện tại mà làm thay đổi nghĩa vụ thuế, thì rủi ro bị cơ quan thuế loại trừ rất cao.

5. Cách kê khai bổ sung khi hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

Để xử lý đúng khi phát hiện hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, kế toán cần thực hiện các bước sau:

5.1. Xác định kỳ phát sinh hóa đơn

+ Kiểm tra ngày lập hóa đơn.

+ Đối chiếu với sổ sách kế toán và tờ khai thuế GTGT.

+ Xác định hóa đơn thuộc tháng/quý nào bị bỏ sót.

5.2. Lập tờ khai bổ sung

+ Vào phần mềm HTKK hoặc hệ thống eTax.

+ Chọn mục Tờ khai bổ sung.

+ Nhập số liệu điều chỉnh để bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót.

5.3. Nộp bản giải trình bổ sung

+ Trường hợp bổ sung không làm thay đổi nghĩa vụ thuế → nộp bản giải trình (mẫu 01/KHBS).

+ Trường hợp có thay đổi nghĩa vụ thuế → nộp tờ khai bổ sung kèm bản giải trình.

5.4. Nộp bổ sung tiền thuế và tiền chậm nộp (nếu có)

Nếu việc kê khai bổ sung làm tăng số thuế phải nộp, doanh nghiệp phải nộp đủ số thuế và tiền chậm nộp.

👉 Lưu ý: Nếu hóa đơn đầu vào bị bỏ sót thuộc loại không được khấu trừ thuế GTGT (ví dụ: hóa đơn tài sản cố định phải tính vào nguyên giá), thì không cần kê khai bổ sung, chỉ cần lưu trữ để phục vụ hạch toán kế toán.

6. Cách tra cứu hóa đơn đầu vào để tránh bỏ sót

Để hạn chế tình trạng hóa đơn đầu vào bị bỏ sót, kế toán nên thường xuyên tra cứu hóa đơn trên Cổng thông tin điện tử Tổng cục Thuế.

Các bước thực hiện:

1. Truy cập: https://hoadondientu.gdt.gov.vn.

2. Đăng nhập bằng mã số thuế và mật khẩu.

3. Chọn [Tra cứu] → [Tra cứu hóa đơn].

4. Chọn mục [Tra cứu hóa đơn điện tử mua vào].

5. Nhập khoảng thời gian cần tra cứu (tối đa 31 ngày/lần).

6. Chọn [Kết quả kiểm tra] gồm:

Đã cấp mã hóa đơn.

Tổng cục thuế đã nhận không mã.

7. Hệ thống trả về danh sách hóa đơn đầu vào có mã và không mã.

👉 Kế toán nên lập lịch định kỳ tra cứu hóa đơn đầu vào hàng tháng để tránh bỏ sót khi kê khai thuế.

7. Câu hỏi thường gặp (FAQ) về hóa đơn đầu vào bị bỏ sót

Câu 1: Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót có được khấu trừ thuế GTGT không?

👉 Có, miễn là hóa đơn hợp pháp và kê khai bổ sung trước khi cơ quan thuế công bố quyết định kiểm tra, thanh tra.

Câu 2: Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót nhiều tháng thì xử lý thế nào?

👉 Doanh nghiệp phải kê khai bổ sung từng tháng phát sinh hóa đơn. Không được gộp chung vào một kỳ hiện tại.

Câu 3: Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót nhưng không làm thay đổi số thuế GTGT phải nộp thì có cần kê khai bổ sung không?

👉 Trường hợp này chỉ cần nộp bản giải trình bổ sung, không cần nộp tờ khai bổ sung.

Câu 4: Nếu kê khai sai, doanh nghiệp có bị xử phạt không?

👉 Nếu kê khai sai dẫn đến thiếu số thuế phải nộp thì doanh nghiệp bị truy thu và nộp tiền chậm nộp, có thể kèm phạt vi phạm hành chính.

Câu 5: Có thời hạn nào để kê khai bổ sung hóa đơn đầu vào bị bỏ sót không?

👉 Có, trong vòng 10 năm kể từ ngày hết hạn nộp hồ sơ khai thuế của kỳ có sai sót.

8. Kết luận

+ Hóa đơn đầu vào bị bỏ sót cần được xử lý đúng quy định để tránh rủi ro thuế.

+ Nếu ảnh hưởng đến nghĩa vụ thuế → kê khai bổ sung vào kỳ phát sinh.

+ Nếu chỉ ảnh hưởng đến số thuế khấu trừ chuyển kỳ sau → được kê khai tại kỳ hiện tại.

+ Cần thường xuyên tra cứu hóa đơn điện tử để hạn chế sai sót.

👉 Doanh nghiệp nên xây dựng quy trình kiểm soát hóa đơn đầu vào chặt chẽ, đồng thời trang bị kiến thức pháp lý cho kế toán để không gặp rắc rối khi xử lý tình huống hóa đơn đầu vào bị bỏ sót.

Bài viết cùng chủ đề 

Releted Tags

Leave a comment

Dịch vụ doanh nghiệp Anta