Thủ tục hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa

Trong quá trình thực hiện nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp có thể phát sinh các trường hợp nộp thừa thuế giá trị gia tăng (GTGT) tại khâu nhập khẩu. Khi đó, doanh nghiệp có quyền đề nghị hoàn lại số tiền thuế đã nộp vượt quy định. Tuy nhiên, việc xác định cơ quan có thẩm quyền giải quyết hoàn thuế, cũng như hồ sơ, thủ tục cần thiết, là điều mà không phải doanh nghiệp nào cũng nắm rõ. Bài viết dưới đây sẽ giúp bạn hiểu rõ hơn về các quy định hiện hành liên quan đến hoàn thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu.

1. Cơ quan nào có thẩm quyền hoàn thuế GTGT nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu?

Theo quy định hiện hành, việc phân định trách nhiệm hoàn thuế giữa cơ quan thuế và cơ quan hải quan được quy định rõ ràng, cụ thể như sau:

1.1. Căn cứ pháp lý

+ Điều 22 Thông tư 219/2013/TT-BTC:

“Cơ quan Thuế chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT và hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh; Cơ quan Hải quan chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện quản lý thu thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu.”

+ Khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 quy định nguyên tắc xử lý số tiền thuế nộp thừa:

Người nộp thuế có quyền được bù trừ hoặc hoàn trả số thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt đã nộp thừa nếu không còn nợ thuế hoặc các khoản phải nộp khác.

+ Tại Điều 22 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính:

– Cơ quan Thuế: Quản lý thu và hoàn thuế GTGT đối với cơ sở kinh doanh (hoạt động sản xuất – kinh doanh trong nước).

– Cơ quan Hải quan: Quản lý thu và hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu.

+ Tại khoản 64 Điều 1 Thông tư số 39/2018/TT-BTC, sửa đổi, bổ sung Điều 131 Thông tư 38/2015/TT-BTC, quy định rõ:

“Việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa được hoàn thực hiện theo Điều 132 của Thông tư này. Số tiền thuế GTGT nộp thừa được xử lý đồng thời với thuế nhập khẩu (nếu có).”

Thủ tục hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu nộp thừa

1.2. Kết luận

Từ các căn cứ pháp lý trên, có thể khẳng định rằng:
🔹 Cơ quan hải quan là đơn vị có thẩm quyền thực hiện hoàn thuế GTGT nộp thừa đối với hàng hóa nhập khẩu.
🔹 Cơ quan thuế nội địa chỉ có thẩm quyền hoàn thuế GTGT trong các trường hợp doanh nghiệp kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ hoạt động sản xuất kinh doanh trong nước.

2. Thủ tục hoàn thuế GTGT nộp thừa tại khâu nhập khẩu

Khi xác định được cơ quan có thẩm quyền là cơ quan hải quan, doanh nghiệp cần chuẩn bị đầy đủ hồ sơ và thực hiện thủ tục theo đúng quy định pháp luật.

2.1. Căn cứ pháp lý về thủ tục

Thủ tục hoàn thuế GTGT nộp thừa được hướng dẫn chi tiết tại:

+ Điều 131 Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi tại Thông tư 39/2018/TT-BTC)

+ Khoản 4 Điều 132 Thông tư 38/2015/TT-BTC: Quy định việc xử lý tiền thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt nộp thừa.

2.2. Thành phần hồ sơ

Hồ sơ hoàn thuế GTGT nộp thừa bao gồm:

✅ Trường hợp thực hiện qua hệ thống điện tử (khuyến khích)

+ Doanh nghiệp khai báo đầy đủ các thông tin theo Mẫu số 03 – Phụ lục IIa ban hành kèm theo Thông tư 39/2018/TT-BTC.

+ Gửi hồ sơ điện tử qua Hệ thống xử lý dữ liệu điện tử hải quan (VNACCS/VCIS hoặc Cổng Dịch vụ công quốc gia).

✅ Trường hợp nộp hồ sơ giấy (trong một số trường hợp đặc biệt)

+ Công văn đề nghị hoàn thuế theo Mẫu số 27/CVĐNHNT/TXNK – Phụ lục VI Thông tư 39/2018/TT-BTC.

+ Bản sao (có xác nhận) các chứng từ liên quan như:

– Tờ khai hải quan nhập khẩu;

– Biên lai nộp thuế hoặc chứng từ thanh toán qua ngân hàng;

– Các văn bản giải trình lý do phát sinh số thuế nộp thừa.

2.3. Hình thức xử lý tiền thuế nộp thừa

Theo quy định tại khoản 1 Điều 60 Luật Quản lý thuế 2019, doanh nghiệp có thể lựa chọn một trong các hình thức xử lý tiền thuế nộp thừa như sau:

+ Bù trừ với khoản thuế còn nợ;

+ Trừ vào kỳ nộp thuế tiếp theo;

+ Đề nghị hoàn trả bằng tiền, nếu doanh nghiệp không còn nợ thuế.

⚠️ Lưu ý: Trường hợp doanh nghiệp chọn hình thức bù trừ thì không bị tính tiền chậm nộp đối với khoản thuế đã nộp thừa, tính từ ngày nộp đến thời điểm bù trừ.

3. Thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế

Thời hạn giải quyết hoàn thuế GTGT nộp thừa được thực hiện theo quy định tại Điều 75 Luật Quản lý thuế 2019 và Thông tư 38/2015/TT-BTC:

+ Không quá 06 (sáu) ngày làm việc kể từ ngày cơ quan hải quan nhận đủ hồ sơ hợp lệ.

+ Trường hợp cần xác minh thêm, thời gian xử lý có thể kéo dài nhưng không vượt quá 40 ngày làm việc.

4. Một số lưu ý quan trọng

+ Doanh nghiệp nên thường xuyên đối chiếu số tiền đã nộp và số tiền phải nộp trên hệ thống để phát hiện kịp thời khoản thuế GTGT nộp thừa.

+ Trong trường hợp phát hiện nộp thừa do lỗi xác định mã số HS, áp sai thuế suất hoặc do hủy tờ khai, giảm trị giá tính thuế, cần lập hồ sơ hoàn thuế ngay để đảm bảo quyền lợi.

+ Việc sử dụng hệ thống điện tử sẽ giúp tiết kiệm thời gian, chi phí và rút ngắn quy trình xử lý hồ sơ.

Kết luận

Việc nộp thừa thuế GTGT tại khâu nhập khẩu là tình huống có thể xảy ra trong thực tiễn hoạt động xuất nhập khẩu. Do đó, doanh nghiệp cần nắm rõ cơ quan có thẩm quyền giải quyết hoàn thuế là cơ quan hải quan, cũng như hiểu rõ quy trình, hồ sơ và cách thức thực hiện để đảm bảo quyền lợi của mình.

Nếu bạn cần hỗ trợ chi tiết về hồ sơ hoặc gặp khó khăn trong quá trình làm thủ tục hoàn thuế, hãy liên hệ đường dây nóng của Tổng cục Hải quan hoặc đơn vị hải quan nơi làm thủ tục nhập khẩu để được hướng dẫn cụ thể và kịp thời.

Tìm hiểu thêm về: Hoàn thuế GTGT hàng nhập khẩu sau đó xuất khẩu

Bài viết cùng chủ đề