Thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập – Doanh nghiệp cần chuẩn bị gì?

Thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập là vấn đề mà bất kỳ công ty nào trong giai đoạn đầu hoạt động cũng cần quan tâm. Bài viết cập nhật quy định mới nhất năm 2025, giúp kế toán và chủ doanh nghiệp nắm rõ quy trình kiểm tra thuế, thời hạn, hồ sơ cần chuẩn bị cũng như những rủi ro thường gặp.

1. Tổng quan

1.1 Khái niệm kiểm tra thuế

Thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập là nghiệp vụ của cơ quan thuế nhằm rà soát hồ sơ khai thuế, hóa đơn và chứng từ kế toán. Hoạt động này được thực hiện tại cơ quan thuế hoặc trụ sở chính doanh nghiệp để đánh giá việc tuân thủ pháp luật. Thông qua kiểm tra thuế , doanh nghiệp có thể phát hiện sai sót, giảm rủi ro truy thu và hoàn thiện quy trình kế toán ngay từ đầu.

1.2. Trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp mới thành lập

Theo quy định mới nhất năm 2025, thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập có thể được cơ quan thuế tiến hành trực tiếp tại trụ sở công ty trong những tình huống cụ thể sau:

+ Không giải trình hoặc giải trình chưa đầy đủ: Doanh nghiệp không nộp bổ sung hồ sơ pháp lý khi được yêu cầu, hoặc có bổ sung nhưng nội dung không chính xác, không chứng minh được số thuế phải nộp, miễn, giảm, hoàn thuế theo quy định.

+ Kiểm tra sau thông quan: Bao gồm các trường hợp kiểm tra theo kế hoạch định kỳ, kiểm tra hàng hóa xuất nhập khẩu, hoặc kiểm tra chọn mẫu theo tiêu chí quản lý rủi ro.

+ Doanh nghiệp có rủi ro thuế cao: Nằm trong danh sách đối tượng được đánh giá theo hệ thống quản lý rủi ro về thuế.

2. Chính sách thuế cho doanh nghiệp mới thành lập 2025

2.1 Thuế môn bài

Theo Nghị định 22/2020/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung Nghị định 139/2016/NĐ-CP) và các hướng dẫn mới nhất năm 2025, doanh nghiệp mới thành lập được hưởng nhiều ưu đãi thuế môn bài để giảm bớt gánh nặng chi phí ban đầu. Cụ thể:

+ Miễn thuế môn bài trong năm đầu: Áp dụng cho doanh nghiệp mới được cấp mã số thuế hoặc mã số doanh nghiệp; hộ kinh doanh, cá nhân, nhóm cá nhân lần đầu khởi sự kinh doanh.

+ Miễn 3 năm cho doanh nghiệp nhỏ và vừa chuyển đổi từ hộ kinh doanh theo quy định tại Luật Hỗ trợ doanh nghiệp nhỏ và vừa.

+ Miễn cho cơ sở giáo dục công lập: bao gồm mầm non và phổ thông, theo chính sách khuyến khích của Nhà nước.

+ Trong thời gian miễn, nếu doanh nghiệp thành lập thêm chi nhánh, văn phòng đại diện hoặc địa điểm kinh doanh, các đơn vị này cũng được hưởng ưu đãi đến hết thời hạn miễn của doanh nghiệp mẹ.

Sau khi hết thời gian miễn, doanh nghiệp phải thực hiện nghĩa vụ nộp thuế môn bài hàng năm theo mức quy định tại Điều 4 Nghị định 139/2016/NĐ-CP, căn cứ vào vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư:

2.2. Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN)

Khác với lệ phí môn bài thường được miễn trong năm đầu, thuế thu nhập doanh nghiệp chỉ áp dụng ưu đãi trong một số trường hợp nhất định. Theo Luật TNDN hiện hành, việc miễn giảm không dựa trên tiêu chí “doanh nghiệp mới thành lập” mà phụ thuộc vào ngành nghề, lĩnh vực đầu tư hoặc địa bàn triển khai dự án.

Các nhóm doanh nghiệp thường được hưởng ưu đãi thuế suất TNDN (từ 10% – 17% trong tối đa 10 năm) gồm:

+ Đầu tư tại khu vực kinh tế đặc biệt khó khăn, khu kinh tế, khu công nghệ cao.

+ Doanh nghiệp công nghệ cao: sản xuất phần mềm, năng lượng tái tạo, công nghệ sinh học…

+ Doanh nghiệp trong lĩnh vực bảo vệ môi trường: xử lý nước thải, khí thải, chất thải rắn.

+ Doanh nghiệp sản xuất phục vụ nông nghiệp, thủy lợi, ngành nghề nông thôn.

Sau thời gian ưu đãi, doanh nghiệp sẽ nộp theo mức thuế TNDN phổ thông 20%.

2.3. Thuế giá trị gia tăng (GTGT)

Khác với TNDN, thuế GTGT không có ưu đãi miễn giảm ngay từ đầu, và doanh nghiệp phải kê khai – nộp thuế đầy đủ khi hoạt động. Có 2 phương pháp tính thuế:

+ Phương pháp khấu trừ: áp dụng với doanh nghiệp có đầy đủ hệ thống kế toán, hóa đơn chứng từ; thuế suất phổ biến 10%, ngoài ra có 0% và 5% theo từng loại hàng hóa dịch vụ.

+ Phương pháp trực tiếp: áp dụng cho doanh nghiệp nhỏ, siêu nhỏ, tính thuế theo % doanh thu.

Ngay khi đăng ký, doanh nghiệp cần chọn phương pháp tính thuế phù hợp để vừa tuân thủ pháp luật vừa tối ưu chi phí vận hành.

2.4. Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

Đối với doanh nghiệp mới thành lập, thuế thu nhập cá nhân phát sinh từ hai nhóm chính: chủ đầu tư/cổ đông và người lao động.

+ Chủ đầu tư có thể được hưởng ưu đãi với mức thuế cố định 5% trên phần lợi nhuận chia, nếu đáp ứng điều kiện pháp luật.

+ Cổ đông góp vốn khác phải nộp thuế theo tỷ lệ vốn và lợi nhuận phát sinh.

+ Người lao động sẽ bị khấu trừ thuế TNCN hàng tháng theo biểu lũy tiến từng phần; doanh nghiệp có trách nhiệm kê khai và nộp thay.

2.5. Chính sách gia hạn thời gian đóng thuế cho doanh nghiệp mới

Ngoài ưu đãi miễn, giảm, doanh nghiệp mới thành lập còn được gia hạn nộp thuế, giúp giảm áp lực tài chính giai đoạn đầu. Một số chính sách nổi bật:

+ Tiền thuê đất: gia hạn 5 tháng theo Nghị định 41/2020/NĐ-CP.

+ Thuế sử dụng đất nông nghiệp: được gia hạn đến hết năm 2025.

+ Các loại thuế khác: tùy ngành nghề, doanh nghiệp có thể được gia hạn thêm thuế xuất nhập khẩu, tiêu thụ đặc biệt hoặc các sắc thuế khác theo quy định mới nhất.

3. Hồ sơ và thủ tục doanh nghiệp mới cần chuẩn bị trước khi cơ quan thuế kiểm tra

Sau khi đăng ký thành lập, doanh nghiệp cần nhanh chóng hoàn thiện các thủ tục pháp lý và bố trí đầy đủ giấy tờ liên quan. Đây là căn cứ quan trọng để tránh rủi ro bị xử phạt thuế và chứng minh hoạt động hợp pháp trước cơ quan quản lý.

3.1. Treo biển hiệu công ty đúng quy định

Ngay sau khi nhận Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, doanh nghiệp phải treo biển hiệu công ty tại trụ sở chính. Biển hiệu cần thể hiện:

+ Tên doanh nghiệp theo giấy phép kinh doanh.

+ Địa chỉ, số điện thoại liên hệ.

+ Cơ quan quản lý trực tiếp.

Biển hiệu phải đặt ngay tại mặt trước trụ sở, không che lối thoát hiểm, không lấn chiếm vỉa hè hay cản trở giao thông. Đây là quy định bắt buộc theo Điều 34 Luật Quảng cáo 2012.

3.2. Chuẩn bị hợp đồng thuê hoặc mượn trụ sở

Trong quá trình kiểm tra, cơ quan thuế thường yêu cầu doanh nghiệp xuất trình:

+ Hợp đồng thuê hoặc mượn nhà.

+ Bản photo Giấy chứng nhận quyền sử dụng đất của chủ nhà.

+ Bản photo CCCD của chủ nhà.

Những giấy tờ này là căn cứ chứng minh quyền sử dụng hợp pháp trụ sở và cơ sở để doanh nghiệp hạch toán chi phí thuê văn phòng.

3.3. Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh

Doanh nghiệp cần chuẩn bị bản gốc và bản photo Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh. Đây là hồ sơ pháp lý quan trọng để đoàn kiểm tra xác minh:

+ Ngành nghề kinh doanh.

+ Người đại diện pháp luật.

+ Tình trạng hoạt động.

Ngoài ra, doanh nghiệp cũng nên cung cấp thêm bản photo CCCD của người đại diện pháp luật để làm rõ tính pháp lý.

3.4. Sắp xếp văn phòng thể hiện hoạt động thực tế

Đoàn kiểm tra thuế thường quan sát trực tiếp văn phòng làm việc để đánh giá mức độ hoạt động. Doanh nghiệp cần bố trí:

+ Bàn ghế làm việc, máy tính, tủ hồ sơ.

+ Văn phòng phẩm, chứng từ, tài liệu kế toán.

Điều này giúp chứng minh doanh nghiệp có hoạt động sản xuất – kinh doanh thực sự, tránh bị coi là “doanh nghiệp ma”.

3.5. Cử người tiếp đoàn kiểm tra thuế

Khi có quyết định kiểm tra, doanh nghiệp phải bố trí người đại diện tiếp đón đoàn. Có thể là người đại diện pháp luật hoặc nhân viên được ủy quyền. Việc tiếp đoàn chuyên nghiệp sẽ giúp doanh nghiệp tạo thiện cảm, đồng thời hỗ trợ giải trình rõ ràng, minh bạch trước cơ quan thuế.

4. Thời hạn kiểm tra thuế tại doanh nghiệp là bao lâu?

Một trong những vấn đề được nhiều chủ doanh nghiệp quan tâm là thời hạn kiểm tra của cơ quan thuế tại doanh nghiệp kéo dài trong bao lâu. Việc nắm rõ quy định này giúp doanh nghiệp chủ động hơn trong việc chuẩn bị hồ sơ, chứng từ và giảm thiểu rủi ro vi phạm.

Theo quy định hiện hành:

+ Thanh tra thuế: Thời hạn mỗi cuộc thanh tra tối đa 30 ngày kể từ ngày công bố quyết định. Trường hợp đặc biệt có thể gia hạn nhưng không vượt quá thời hạn luật định.

+ Kiểm tra thuế tại doanh nghiệp: Mọi hoạt động kiểm tra được thực hiện tối đa 5 ngày làm việc kể từ ngày công bố quyết định kiểm tra.

Trong suốt quá trình kiểm tra, đoàn thanh tra, kiểm tra thuế phải tuân thủ đúng nội dung, phạm vi và thời hạn đã ghi trong quyết định. Điều này đảm bảo tính minh bạch, hạn chế tình trạng kéo dài thời gian gây ảnh hưởng đến hoạt động sản xuất kinh doanh của doanh nghiệp.

5. Kết luận

Thuế kiểm tra doanh nghiệp mới thành lập là thủ tục không thể tránh trong giai đoạn đầu hoạt động. Việc nắm vững quy định 2025 về các loại thuế phải nộp, hồ sơ cần chuẩn bị và thời hạn kiểm tra sẽ giúp doanh nghiệp chủ động ứng phó, giảm thiểu rủi ro và vận hành ổn định hơn.

Nếu bạn là chủ doanh nghiệp mới và chưa tự tin trong việc kê khai, quyết toán hoặc giải trình trước cơ quan thuế, hãy cân nhắc sử dụng dịch vụ kế toán trọn gói. Đội ngũ chuyên gia tại Dịch vụ kế toán ANTA sẽ đồng hành cùng bạn trong mọi thủ tục thuế – từ khởi sự, kê khai đến quyết toán, đảm bảo tuân thủ pháp luật, tối ưu chi phí và hạn chế rủi ro.

6. Câu hỏi thường gặp (FAQ)

Câu 1: Doanh nghiệp mới thành lập có bị kiểm tra thuế ngay không?
Không phải mọi doanh nghiệp đều bị kiểm tra ngay sau khi thành lập. Tuy nhiên, nếu doanh nghiệp thuộc diện rủi ro thuế cao, không giải trình đầy đủ, hoặc có hoạt động xuất nhập khẩu thì khả năng bị kiểm tra sớm sẽ cao hơn.

Câu 2: Thời hạn kiểm tra thuế tại doanh nghiệp kéo dài bao lâu?
Theo quy định:

+ Thanh tra thuế: tối đa 30 ngày (có thể gia hạn trong trường hợp đặc biệt).

+ Kiểm tra thuế: tối đa 5 ngày làm việc kể từ ngày công bố quyết định.

Câu 3: Khi kiểm tra, cơ quan thuế thường yêu cầu doanh nghiệp chuẩn bị hồ sơ gì?
Doanh nghiệp cần chuẩn bị: Giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh, hợp đồng thuê/mượn trụ sở, hóa đơn chứng từ kế toán, sổ sách kế toán, chứng minh nhân dân/CCCD của người đại diện pháp luật.

Câu 4: Nếu doanh nghiệp không treo biển hiệu có bị phạt không?
Có. Theo Luật Quảng cáo 2012, doanh nghiệp bắt buộc phải treo biển hiệu tại trụ sở chính. Nếu không, có thể bị xử phạt hành chính từ 10 – 15 triệu đồng.

Câu 5: Doanh nghiệp mới có thể xin gia hạn nộp thuế không?
Có. Một số loại thuế được phép gia hạn như tiền thuê đất (5 tháng), thuế sử dụng đất nông nghiệp (đến hết năm 2025), và một số loại thuế khác theo chính sách hỗ trợ doanh nghiệp.

Bài viết cùng chủ đề